Formentlig er døbefonten det ældste stykke inventar som Hesselager Kirke ejer.

Det er en granitblok, der er forarbejdet til en døbefont i romansk stil omkring år 1150. Foden af fonten er hugget med buer og en ring, der bærer selve kummen. Langs den øverste kant er slyngornamenter som en ranke og længere nede er udhugget seks smalle mandshoveder.

Det tilhørende dåbsfad kan dateres fra midten af år 1500 og blev forarbejdet i Nürnberg. Herfra stammer mange dåbsfade i de danske kirker.

På kanten af det runde messing-dåbsfad er der hamret springende hjorte og tanken kan lede en hertil, om det er bestilt arbejde fra daværende ejer af Hesselagergård.

Efter den sidste restaurering står døbefonten nu i korskæringen i hovedskibet, mens tidligere optegnelser fortæller noget andet. Gamle fotografier kan være en uvurderlig kilde. Da professor Hans J. Holm i 1895 besøgte Fyn, lod han et hold elever fra Kunstakademiets Arkitektskole opmåle Hesselager Kirke og fotografere bygningen.

Heraf fremgår det, at døbefonten på det tidspunkt var anbragt i koret tæt ved den nordre væg. Af biskop Madsens vititatsbog fremgår, at døbefonten i slutningen af år 1500 stod i tårnhvælvingen - altså det nuværende våbenhus. Så børnene blev døbt inden de kom ind i kirken.

Døbefonten er således en af de dele i kirken, der har været flyttet meget.